Algebraic Topology Group Departament de Matemàtiques UAB Campus Virtual UAB Societat Catalana de Matemàtiques

Font:

R i deducer amb (K)ubuntu

Aquesta informació està extreta d'aquí, el que faig és simplement una traducció al català i adaptació al meu cas. Després de cada explicació hi ha una instrucció que serveix per a fer la modificació des d'un terminal.

  • Primer observar que l'R que ve amb l'Ubuntu (o Kubuntu) no s'actualitza amb les noves versions que van apareixent, pel que necessitem afegir una font de programes nous on hi ha les últimes versions. Editem el fitxer /etc/apt/sources.list com a administradors i hi afegim la línia 
    deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu codename/
    on codename/ es refereix a la distribució, per exemple, precise en el meu cas.
    Per a editar el fitxer com a administradors podeu executar
    sudo kate /etc/apt/sources.list
    on kate fa referència a l'editor de text.
    Afegim les claus de seguretat de la nova font executant des d'un terminal:
    gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
    gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
    Actualitzem el llistat de programes amb
    sudo apt-get update
  • Si ja teníem l'R instal·lat actualitzem el sistema amb
    sudo apt-get upgrade
    Si no el teníem instal·lat el cridem des del gestor de programari o amb l'instrucció
    sudo apt-get install r-base-dev
    Per a evitar errors posteriors instal·lem també aquests paquets:
    sudo apt-get install libx11-dev libglu1-mesa-dev libxml2-dev
  • Si ja tenim instal·lada una màquina JAVA passem a l'apartat següent. En cas contrari, n'instal·lem una fent, per exemple,
    sudo apt-get install -y openjdk-6-jdk
  • Afegim el suport de JAVA a l'R executant
    sudo R CMD javareconf
  • Instal·lem el JGR i el Deducer a l'R des de el mateix R: primer executem l'R com a administradors amb la instrucció
    sudo R --no-save
    i després fem còrrer les instruccions següents des de dins de l'R:
    update.packages(ask=FALSE, repos = 'http://cran.r-project.org')
    install.packages(c('JGR', 'Deducer', 'DeducerExtras'), repos = 'http://cran.r-project.org')
    install.packages('DeducerRichOutput', repos = 'http://R-Forge.R-Project.org')
    install.packages('XLConnect', repos = 'http://cran.r-project.org') ## per a poder importar fitxers excel
  • Sortim de l'Ramb
    q()
    i l'iniciem sense ser administradors.
  • Ara engeguem el JGR amb les instruccions
    library(JGR)
    JGR()
    .
  • Si ja teniu instal·lat l'R amb l'última versió i tant sols voleu actualitzar els paquets amb les últimes versions: engegueu l'R com a administradors
    sudo R
    i executeu
    update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE)
    Us demanarà des de quina font ho voleu instal·lar i s'actualitzarà.