Algebraic Topology Group Departament de Matemàtiques UAB Campus Virtual UAB Societat Catalana de Matemàtiques

Font:

R i deducer amb (K)ubuntu 16.04

Aquesta informació està actualitzada dels altres articles que ja hi ha a aquesta web per a versions anteriors. No sé si tots els passos són necessaris, però a mi m'han funcionat. Després de cada explicació hi ha una instrucció que serveix per a fer la modificació des d'un terminal.

  • Primer observar que l'R que ve amb l'Ubuntu (o Kubuntu) no s'actualitza amb les noves versions que van apareixent, pel que necessitem afegir una font de programes nous on hi ha les últimes versions. Editem el fitxer /etc/apt/sources.list com a administradors i hi afegim la línia 
    deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu codename/
    on codename/ es refereix a la distribució, per exemple, xenial en el meu cas.
    Per a editar el fitxer com a administradors podeu executar
    sudo kate /etc/apt/sources.list
    on kate fa referència a l'editor de text.
    Afegim les claus de seguretat de la nova font executant des d'un terminal:
    gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
    gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
    Actualitzem el llistat de programes amb
    sudo apt-get update
  • Si ja teníem l'R instal·lat actualitzem el sistema amb
    sudo apt-get upgrade
    Si no el teníem instal·lat el cridem des del gestor de programari o amb l'instrucció
    sudo apt-get install r-base r-cran-rjava
    Per a evitar errors posteriors instal·lem també aquests paquets:
    sudo apt-get install libx11-dev libglu1-mesa-dev libxml2-dev
  • Si ja tenim instal·lada una màquina JAVA passem a l'apartat següent. En cas contrari, n'instal·lem una seguint les instruccions de http://www.webupd8.org/2015/02/install-oracle-java-9-in-ubuntu-linux.html  i afegim la línia
    JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-9-oracle/"
    al fitxer /etc/environment (on /usr/lib/jvm/java-9-oracle és on s'ha instal·lat el java).
  • Afegim el suport de JAVA a l'R executant
    sudo R CMD javareconf
  • Si dóna error, intal·lem el java d'oracle segons les instruccions de http://www.webupd8.org/2015/02/install-oracle-java-9-in-ubuntu-linux.html  i afegim la línia
    JAVA_HOME="/usr/lib/jvm/java-9-oracle/"
    al fitxer /etc/environment (on /usr/lib/jvm/java-9-oracle és on s'ha instal·lat el java).
  • Instal·lem el JGR i el Deducer a l'R des de el mateix R: primer executem l'R com a administradors amb la instrucció
    sudo R --no-save
    i després fem còrrer les instruccions següents des de dins de l'R:
    install.packages(c('JGR', 'Deducer', 'DeducerExtras'), lib='/usr/lib/R/site-library', repos = 'http://cran.r-project.org')
    install.packages('DeducerRichOutput', lib='/usr/lib/R/site-library', repos = 'http://R-Forge.R-Project.org')
    install.packages('XLConnect', lib='/usr/lib/R/site-library', repos = 'http://cran.r-project.org') ## per a poder importar fitxers excel
  • Sortim de l'Ramb
    q()
    i l'iniciem sense ser administradors.
  • Ara engeguem el JGR amb les instruccions
    library(JGR)
    JGR()
    .
  • Si ja teniu instal·lat l'R amb l'última versió i tant sols voleu actualitzar els paquets amb les últimes versions: engegueu l'R com a administradors
    sudo R
    i executeu
    update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE)
    Us demanarà des de quina font ho voleu instal·lar i s'actualitzarà.