Algebraic Topology Group Departament de Matemàtiques UAB Campus Virtual UAB Societat Catalana de Matemàtiques

Font:

Problema amb el R i Java a (K)ubuntu 14.04

Després de reinstal·lar el sistema (K)ubuntu a un ordinador i d'instal·lar l'R i el deducer segons les indicacions d'aquí em trobava que el deducer no funcionava. Més concretament, quan engegava el deducer des de l'R executant:

> library(JGR)

Sortia l'error

Loading required package: rJava
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rJava/libs/rJava.so':
  libjvm.so: no s’ha pogut obrir el fitxer objecte compartit: El fitxer o directori no existeix
Error: package ‘rJava’ could not be loaded

El problema era del Java, i tinc instal·lada la d'oracle. Per a solucionar-ho he fet:

  • Primer esbrinar quin Java utilitza l'R executant:
    sudo R CMD javareconf
    i mirant quin valor té la variable:
    JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre 
    Per tant treballa amb el java-8-oracle.
  • Buscar els arxius que es diuen libjvm.so dins el java-8-oracle:
    locate libjvm.so | grep "java-8-oracle"
    Obtenint:
    /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server/libjvm.so
  • Fer un enllaç d'aquest arxiu a /usr/lib:
    sudo ln -s /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server/libjvm.so /usr/lib

I ha funcionat.